Sob pressão de parte de aliados, em especial de parcela do MDB, o governo eleito ainda discute se manterá o Ministério da Infraestrutura no formato atual ou se irá recriar a Secretaria de Portos com status de ministério, em organograma que perdurou durante as gestões petistas. Hoje, a pasta congrega transportes terrestres, aviação e portos. Se desmembrar, não só o setor portuário como o de aviação pode ganhar uma pasta.
De acordo com integrantes do governo eleito, a solicitação para o desmembramento parte do grupo do governador do Pará, Helder Barbalho (MDB), que quer colocar um apadrinhado para comandar a eventual Secretaria de Portos com status de ministério. Barbalho já ocupou esse posto em 2015 e 2016, durante o governo Dilma Rousseff (PT).
A área, tradicionalmente cobiçada pela ligação com as companhias portuárias (Docas) federais, ganha ainda mais relevância no momento em que se discute o futuro modelo de administração dos portos públicos. A gestão Bolsonaro (PL) iniciou o processo de privatização das Docas, começando pela Codesa, estatal que administrava os portos de Vitória e de Barra do Riacho no Espírito Santo. O plano era vender também a SPA, que gerencia o Porto de Santos, mas não houve tempo hábil para emplacar o leilão.
O governo eleito já indicou que não quer dar continuidade a esse modelo, mas que pensa em estruturar outra forma de aumentar a participação da iniciativa privada na área - concedendo, por exemplo, serviços específicos das Docas, como o de dragagem.
O desenho final do ministério, contudo, continua em discussão. O senador Alexandre Silveira (PSD-MG) é um dos principais cotados para assumir a pasta. Não está descartado, contudo, que o comando possa ficar com Miriam Belchior, que foi titular do Planejamento e coordenadora do PAC nas gestões petistas.