No terceiro desenho da série de TV mais adorada das crianças, os monstrinhos de maior sucesso no planeta estão de volta para viverem muitas aventuras ao lado de seus treinadores.

Ash Ketchum, Pikachu e toda a turma embarcam para mais uma batalha em Pokémon 3. Desta vez, o destino é a cidade de Greenfield, nas montanhas. A arriscada missão é o resgate de Molly, uma garota órfã que está ameaçada de ser aprisionada no mundo da fantasia para sempre.

Para realizar essa façanha, Ash conta com a ajuda de seus Pokémon de estimação (inclusive Charizard, cuja volta era há muito esperada) e dos amigos Rock e Misty, além de uma inesperada mãozinha da equipe Rocket.

Mas, o desafio não é só este: Ash também terá de libertar sua mãe, que está aprisionada pelos Unown – Pokémon na forma das 26 letras do alfabeto, que têm a capacidade de transformar em realidade os pensamentos dos humanos.