Apesar do empenho do governador de São Paulo, Mário Covas, junto ao governo federal, pela manutenção do Banespa como estatal estadual, o ano de 1995 terminou sem definição. No dia 30 de dezembro, o BC resolveu ampliar o Regime de Administração Especial (RAET), iniciado no fim de 1994. Segundo o então presidente do BC, Gustavo Loyola, a prorrogação era necessária para fechar alguns pontos do acordo que possibilitaria a volta do Banespa ao controle paulista. Uma das medidas do acordo era a renegociação da dívida do governo estadual com o Banespa, de R$ 15 bilhões, ampliada pelos juros altos durante o período da intervenção. Metade da dívida seria paga com a venda de ativos do governo paulista. O restante seria quitado com um empréstimo, em títulos, do governo federal. O acordo garantiria o retorno integral do banco ao Estado e não à gestão compartilhada com o BC.
Em março de 1996, ao depor na Comissão de Assuntos Econômicos do Senado (CAE), Covas pediu uma definição para o caso e voltou a culpar Quércia e Fleury pela situação. A origem da dívida de R$ 16,5 bilhões (já acrescida de R$ 1,5 bi por conta dos juros), apontou Covas, estaria nos empréstimos feitos pelos seus antecessores, além do acordo feito por Fleury com o BC, para a rolagem da dívida estadual.
Covas queria a liberação de um empréstimo de R$ 7,5 bilhões, da União, para quitar parte da dívida. A demora do Senado, no entanto, elevou muito a dívida e inviabilizou a operação desenhada por Covas. Em abril de 1996, ele desistiu do acordo do BC com o Banespa para tentar retomar o banco, alegando que a demora tornou inviável o projeto. Em dezembro de 1994, a dívida estava em R$ 9 bilhões; no início de 1996, em R$ 15 bilhões; e, quatro meses depois, em R$ 17 bilhões.
Covas reclamou que após 16 meses de intervenção, o BC não "enxugara" o Banespa e disse que a "federalização" do banco - idéia à qual o governador resistia - ficaria agora a critério exclusivo do governo federal. A desistência de Covas de ter o controle do banco, porém, não eliminaria a dívida de Estado, de R$ 17 bilhões, com o Banespa.
Na Justiça, paralelamente, começou uma batalha: no fim de março de 1996, o Ministério Público Estadual pediu o bloqueio dos bens de Quércia e de Fleury e de 105 ex-administradores do banco. O embargo do patrimônio dos acusados visou garantir o ressarcimento de prejuízos do banco. As perdas, em valores de dezembro de 1994 somavam R$ 2,8 bilhões e foram relativas a concessões de empréstimos especiais a pessoas físicas e jurídicas.