O acordo da rolagem da dívida paulista com a União foi concluído no fim de 1996, com a sua aprovação pela Assembléia Legislativa do Estado. O projeto, votado na madrugada de 18 de dezembro, previa a renegociação de R$ 37 bilhões e também a federalização do Banespa. Em maio de 1997, um relatório do Banco Centraç (BC) de 12 mil páginas concluía que os ex-governadores Orestes Quércia e Luiz Antonio Fleury Filho usaram o Banespa politicamente, o que teria sido uma das principais causas da quebra do banco.O inquérito do BC apontou que as operações de Antecipação de Receita Orçamentária (AROs), realizadas no fim do governo Quércia, representaram parte substancial das dívidas do Estado com o Banespa. Em dezembro de 1994, segundo o BC, a dívida das AROs chegava a US$ 3,327 bilhões, o equivalente a 30% do volume total, de US$ 11,127 bilhões.
O relatório do BC disse ainda que, ao longo das gestões de Quércia e de Fleury, o Banespa agiu como um banco para os negócios do Estado, obrigado a suportar a necessidade de financiamento do governo e de suas empresas. Em maio de 1992, segundo o BC, o Estado fechou acordo com o Banespa, referente às suas dívidas do Estado e as de suas estatais. O acordo implicava um salto das parcelas mensais pagas por São Paulo, de algumas dezenas de milhões de dólares para cerca de US$ 600 milhões no início do governo Covas.
A "venda" do Banespa para a União foi praticamente concretizada no fim de dezembro de 1997, depois de complicados contratempos jurídicos. O Tesouro Federal pagou, por 51% das ações, R$ 343 milhões. Também foi acertado o refinanciamento da dívida do Estado com o governo federal, naquele momento de R$ 59,6 bilhões, com prazo de 30 anos, e juros de 6% ao ano.
Cronograma -O governo federal anunciou para janeiro de 1998 a publicação dos editais de privatização do Banespa, com previsão de venda em junho daquele ano, a primeira de uma série de datas sucessivamente adiadas.
Segundo o Ministério Público, Fleury e Quércia seriam os principais responsáveis pelo rombo do Banespa. Entre idas e vindas na questão legal do bloqueio dos bens dos ex-governadores e outros 108 réus, em setembro de 1999 dois ex-funcionários foram condenados criminalmente. No mesmo mês, a cobrança pela Receita Federal, do governo paulista, de impostos atrasados e multas do Banespa no valor de R$ 2,8 bilhões - quase 60% do patrimônio líquido do banco - irritou o governador Mário Covas.
Em março de 2000, depois de quatro anos de tramitação e várias liminares e recursos, foi arquivada a ação que cobrou ressarcimento pela má gestão do Banespa aos ex-governadores Quércia e Fleury e aos 107 ex-administradores. No início de outubro de 2000, o Conselho Monetário Nacional (CMN) aprovou o edital de venda do Banespa. A nova data do leilão foi marcada para 20 de novembro.