Os 16 times participantes da Copa do Nordeste foram divididos em quatro grupos de quatro, de acordo com a classificação no ranking da CBF de 2012. Eles se enfrentarão em turno único, classificando-se para a fase quartas de final as duas equipes que mais pontuarem em cada chave.
Em caso de igualdade de pontos, os critérios de desempate serão os seguintes: maior número de vitórias, maior saldo de gols, maior número de gols pró, confronto direto, menor número de cartões vermelhos recebidos, menor número de cartões amarelos recebidos e sorteio.
A partir das quartas de final, os clubes duelarão no sistema mata-mata (jogos de ida e volta). O primeiro do Grupo A enfrentará nesta etapa o segundo do Grupo C; o primeiro do Grupo C encarará o segundo do Grupo A, o primeiro do Grupo B pegará o segundo do Grupo D; o primeiro do Grupo D terá pela frente o segundo do Grupo B.
Os vencedores dos dois primeiros confrontos supracitados farão uma semifinal, com os dois ganhadores dos dois últimos duelos formando a outra semi. Quem levar a melhor nestes enfrentamentos fará a grande decisão da Copa do Nordeste 2013.
Ao longo do mata-mata, em caso de igualdade na soma de resultado dos dois jogos, gol fora de casa vale como critério de desempate. Persistindo-se o empate, a definição do vencedor será em cobrança de pênaltis.
