Os responsáveis foram condenados por homicídio culposo, ou seja, sem intenção de matar e cumpriram penas brandas. Em fevereiro de 1996, quase dez anos depois do acidente, os médicos Carlos Bezerril, Criseide Castro Dourado e Orlando Alves Teixeira e o físico hospitalar Flamarion Barbosa Goulart foram senteciados há 3 anos e dois meses de prisão em regime aberto. Os médicos e o físico, como determinou o TRF, tiveram que prestar serviços à comunidade.

A decisão foi do Tribunal Regional Federal de Brasília que modificou as penas impostas pela Justiça de Goiânia. Em 1992, todos os envolvidos tinham recebido penas mais brandas, mas um recurso impetrado junto ao TRF alterou toda a situação.

Sócios na Clínica de Radiologia de Goiânia, Carlos, Criseide e Orlando foram considerados os principais responsáveis pelo acidente. Eles deixaram, na sede da clínica, uma bomba do material radioativo. Com a retirada de telhas, portas e janelas, o prédio ficou devassado e a bomba acabou chamando a atenção de catadores de ferro velho.

Em 2000, a Justiça de Goiás condenou a Comissão Nacional de Energia Nuclear (CNEN), o Instituto de Previdência dos Servidores do Estado de Goiás (Ipasgo), o médico Amaurillo Monteiro de Oliveira e o físico hospitalar Flamarion Barbosa Goulart por danos ambientais. A CNEN foi condenada a recolher R$ 1 milhão, o Ipasgo, o médico e o físico R$ 100 mil cada para o Fundo de Defesa de Direitos Difusos.

A comissão também foi condenada a garantir atendimento médico-hospitalar, técnico-científico, odontológico e psicológico às vítimas diretas e indiretas, reconhecidamente atingidas, até a 3ª geração, viabilizar o transporte das vítimas em estado mais grave para a realização de exames, caso necessário, prosseguir o acompanhamento médico da população de Abadia de Goiás, vizinha do depósito, bem como prestar eventual atendimento médico, em caso de contaminação.