João Paulo II sofreu um atentado na tarde de 13 de maio de 1981, em sua própria casa. No meio da Praça de São Pedro, no Vaticano, o turco Mehemed Ali Agca disparou três vezes contra o Papa. As balas o atingiram no abdômen e no braço, e uma multidão de pessoas presenciou o incidente. Alguns fotógrafos registraram a pistola Browning de nove milímetros empunhada no meio do povo.

O terrorista Agca foi condenado à prisão perpétua. Dois anos após o atentado, o Papa visitou o turco na cadeia de Ancona, na região central da Itália. No ano de 2000, Agca ganhou a anistia da Justiça italiana. Ele foi extraditado para a Turquia, onde cumpre pena pelo assassinato do jornalista Abdi Ipecki, em 1978.

O atentado e o 3º segredo de Fátima
A Igreja Católica surpreendeu o mundo no ano 2000 quando foi revelado o terceiro segredo de Fátima, que em 1917 teria aparecido para três crianças em Portugal. Segundo a análise do Vaticano, o segredo estaria relacionado ao atentado contra o Papa. Curiosamente, os disparos contra o Santo Padre foram feitos em 13 de maio. Nossa Senhora fez uma de suas aparições às crianças neste dia. O Sumo Pontífice sempre afirmou que a Virgem Maria teria "desviado as balas". Pouco tempo depois de sua recuperação, João Paulo II foi até Fátima agradecer por ela ter salvo a sua vida.

Conforme divulgou o secretário de Estado do Vaticano, Angelo Sodano, o terceiro mistério anunciado pela Virgem aos pastores era a imagem de um bispo vestido de branco que caminhava entre os corpos de mártires caídos ao chão, aparentemente mortos, sob uma chuva de disparos. A Praça de São Pedro é rodeada de imagens de santos e mártires. A revelação do mistério encerrou décadas de suposições, muitas delas relacionando o segredo a profecias apocalípticas como o fim do mundo.