Teóricos da conspiração se perguntam como um piloto amador pode ter feito uma manobra difícil com um avião comercial, lançando a aeronave sobre o Pentágono sem deixar nenhum vestígio. Como resposta, eles afirmam que não foi um Boeing 757 comercial que atingiu o prédio, e sim algo como um míssil, um avião não tripulado ou um pequeno caça. Entretanto, o foco da teoria mudou depois que provas confirmaram que o avião da American Airlines realmente atingiu o Pentágono, passando a questionar a dificuldade de executar a manobra aérea. Segundo os teóricos da conspiração, o Pentágono tinha o controle do avião, e não a Al-Qaeda. Já os relatórios oficiais afirmam que destroços da aeronave, inclusive as caixas pretas, foram encontrados no local e registrados pelo FBI, segundo a BBC. Algumas gravações iniciais do atentado não mostravam os destroços, mas há evidências do trajeto feito pelo avião antes do choque com o prédio, como postes quebrados. Os corpos dos passageiros e da tripulação do voo foram encontrados e identificados a partir do DNA, e há testemunhas que viram o avião atingir o Pentágono.