As distinções entre Santa Sé e Estado da Cidade do Vaticano também aparecem nos balanços financeiros. De acordo com o último balanço da Santa Sé, relativo a 2011, as contas ficaram no vermelho com déficit de mais de 14 milhões de euros. Grande parte do décifit recai sobre os custos para manter as Missões no mundo inteiro.
Por outro lado, o balanço do Estado da Cidade do Vaticano relativo ao mesmo período aponta um saldo positivo de mais de 21 milhões de euros. O superávit deve-se, principalmente, aos afluxos provenientes dos Museus Vaticanos, que saltou de pouco mais 82 milhões de euros em 2010 para quase 91,5 milhões de euros em 2011. Dinheiro deixado principalmente pelos visitantes dos Museus que neste último ano do balanço atingiram o número de 5 milhões, colocando os Museus Vaticanos entre uma das Instituições mais prestigiadas e importantes do mundo.
Por parte do Óbolo de São Pedro, relativo às ofertas dos fiéis em apoio as ações de caridade do Papa, os valores em 2011 chegaram a quase US$ 70 milhões. As contribuições das circunscrições eclesiais do mundo inteiro para o mantimento dos serviços que a Cúria Romana presta a Igreja atingiu a marca de US$ 32 milhões. Já as contribuições provindas dos Institutos de Vida Consagrada, Sociedades de Vida Apostólicas e Fundações ficou em quase US$ 1,2 milhão. Por fim, em 2011, o Instituto para as Obras de Religião (IOR), popularmente conhecido como Banco Vaticano, doou ao Papa em 2011 a quantia de 49 milhões de euros. A unidade monetária vigente no Vaticano desde 1º de janeiro de 2002 é o Euro.