Com a greve, o ministro da Educação, Paulo Renato Sousa bloqueou o pagamento dos salários de setembro. Segundo ele, o movimento não era constitucional. Por diversas vezes o Superior Tribunal de Justiça determinou o pagamento imediado e cumprimento da decisão. Setembro saiu. Em novembro, a briga foi para o pagamento de outubro. Novamente o ministro se recusou a pagar e acabou derrotado no STJ. Paulo Renato apelou ao presidente Fernando Henrique Cardoso, que baixou uma emenda anti-greve. O item principal da matéria dizia respeito ao pagamento, que só seria feito mediante autorização do presidente da República. Isso gerou uma crise entre Executivo e Judiciário, mas no final, FHC cedeu e liberou o pagamento.

A partir daí as negociações entre MEC e Associação Nacional dos Docentes do Ensino Superior (Andes) começou a andar e o acordo foi fechado. Mas a polêmica durou mais alguns dias. O texto demorou um pouco a chegar na Câmara e quando chegou, a Andes alegou que a matéria não estava completa. Imediamente foi realizada uma nova reunião que acertou o reajuste de 13,2%, já aprovado pelos deputados. As universidades federais ainda discutem como fica o calendário letivo e das provas de vestibular. Os alunos dizem que todo o semestre foi perdido, mas a maioria das instituições optou por reiniciar as aulas em dezembro.

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