A Taca Airlines tem voos diariamente para o Equador, partindo de São Paulo, Rio de Janeiro, Brasília e Porto Alegre. Chega-se a Galápagos por via aérea pela Aerogal e pela Tame, com saídas de Guayaquil (voo de 1h30) e Quito (3h com escala).
Há dois aeroportos, mas o principal deles é o da ilha de Baltra. É preciso pegar um ônibus, oferecido pelas companhias aéreas, para chegar a uma balsa que leva até Santa Cruz, ponto de partida dos cruzeiros. Para quem vai se hospedar em Porto Ayora, basta pegar um ônibus ou um táxi até o centro da cidade.