Revelado pelo Kaizer Chiefs, Khuné teve ascensão meteórica no futebol sul-africano. Assumiu a titularidade no gol dos Chiefs com apenas 19 anos, em 2007. Acabou eleito como o melhor atleta da Liga de futebol da África do Sul daquela temporada. A boa fase fez com que fosse convocado pela primeira vez para a seleção em março de 2008. Com a chegada de Joel Santana, desbancou o experiente arqueiro Rowen Fernandez e assumiu de vez a titularidade, destacando-se na campanha da equipe na Copa das Conferedações de 2009.