Sim. Programas, tais como o ICQ, AOL Instant Messenger e Yahoo! Messenger ficam constantemente conectados a um servidor (senão não teriam como saber quem está no ar) e, como estão conectados, podem ser alvos de ataques.

Lembre-se que qualquer programa que utilize a Internet para prestar algum serviço (como neste caso troca de mensagens) pode possuir alguma vulnerabilidade e ficar sujeito a ataques externos.