Os rios e pântanos desse hotspot são extremamente importantes para a conservação de aves, tartarugas e peixes de água doce, incluindo alguns dos maiores peixes de água doce do mundo. Os ecossistemas aquáticos estão sob intensa pressão de fatores de destruição em muitas áreas da Indo-Birmânia (região que compreende Mianmar, Camboja, Vietnã, Tailândia, Laos, um pedaço da China e da Índia), como a destruição de áreas alagáveis de planícies aluviais de água doce pelo cultivo de arroz e rios sendo represados para gerar eletricidade. Hoje subsistem apenas 5% do hábitat original.