As origens da Al-Qaeda remontam à década de 1980, quando a União Soviética lutava para ampliar sua zona de influência apoiando um governo comunista do Afeganistão. Na época, a resistência afegã estava nas mãos da Maktab al-Khadamat (MAK), uma organização financiada pelo governo saudita e por muçulmanos ao redor do globo.

O objetivo era recrutar voluntários estrangeiros para lutar contra a ocupação soviética. Enquanto o clérigo Abdullah Yusuf Azzam se preocupava com a ideologia do grupo e divulgava o conceito de jihad (interpretado como a "guerra santa"), seu protegido, o então estudante Osama bin Laden, recrutava, treinava e arrecadava fundos para um ataque “multinacional” contra os soviéticos.

Em 1988, às vésperas da retirada soviética do Afeganistão, o recrutamento de mercenários para a MAK era um sucesso. Com um grande contingente disponível, Bin Laden criou uma nova estrutura administrativa no campo de Beit-al-Ansar (Casa dos Fiéis), nos arredores de Peshawar, no Paquistão. O local foi renomeado por para Al-Qaeda ("A base"), e os dados recolhidos da MAK serviriam para planejar suas futuras ações.

Com o fim da guerra contra os soviéticos, os mercenários começaram a descer das montanhas. Em geral, a primeira parada desses homens era na Al-Qaeda, onde comemoravam a vitória e compartilhavam histórias do conflito com os companheiros. Foi nesse momento que o fundamentalismo islâmico começou a se fortalecer. Muitos haviam viajado milhares de quilômetros para defender uma causa. Com a vitória, cresceu a vontade de prosseguir com o ideal da jihad. Muitos foram encorajados a voltar aos seus países de origem e começar uma luta contra os valores ocidentais.

A essa altura, Bin Laden já havia ultrapassado Abdullah Yusuf Azzam no seu fanatismo. Ele pregava que a violência e a morte de pessoas inocentes eram necessárias para o sucesso na luta contra os inimigos do Islã.

Com grande poder nas mãos e recebido como herói na Arábia Saudita, Bin Laden ofereceu seus guerreiros para proteger as fronteiras do país quando o Iraque invadiu o Kuwait, em 1990. A decisão do governo saudita de receber as tropas americanas foi recebida como um ultraje por Bin Laden. Furioso, tornou público seu descontentamento. A resposta do governo saudita foi dura: expulsou Bin Laden e anulou sua nacionalidade.

Expulso de sua terra natal, Bin Laden foi convidado pelo governo sudanês a se estabelecer no país. Lá, acompanhado de quatro mulheres e protegido por um regime ditatorial, Bin Laden acumulou as funções de terrorista e empresário e fez a Al-Qaeda crescer e se consolidar economicamente. Cerca de 30 empresas que empregavam mais de 3 mil funcionários estavam sob sua influência. Foram construídos campos de treinamento, estradas e pontes. Os lucros cresciam, e a Al-Qaeda treinava centenas de argelinos, palestinos, egípcios e sauditas em táticas terroristas, e colaborava com movimentos na Jordânia, na Eritréia, no Azerbaijão, nos Bálcãs.

A vida de Bin Laden no Sudão ficou complicada depois da tentativa de assassinato do presidente egípcio, Hosni Mubarak, na Etiópia, em 1995. O atentado atraiu a atenção da comunidade internacional, e Bin Laden viu nas sanções comerciais impostas ao Sudão mais um motivo para odiar os Estados Unidos e o Ocidente. Foi apenas quando chegou ao Afeganistão, em 1996, que Bin Laden formou o que ficou atualmente conhecido como Al-Qaeda. Cinco anos depois, em 11 de setembro de 2011, a Al-Qaeda realizou o maior ataque terrorista da história.