Várias teorias conspiratórias afirmam que as aeronaves envolvidas nos ataques poderiam ter sido controladas por terra, como descreve David Heylen Campos no livro 11 de Setembro e Outras Mentiras que nos Contaram. Para James Petras, um dos autores da teoria "Aurora Negra", um grupo de terroristas autônomos poderia ter chefiado essas operações sem o conhecimento da Al-Qaeda - e os Estados Unidos aproveitaram as circunstâncias para culpar a organização e iniciar uma guerra contra o terrorismo para se beneficiarem economicamente. Outros teóricos da conspiração acreditam que a operação de controle das aeronaves por terra teria sido feita com o conhecimento do governo. As caixas pretas dos aviões não revelaram nada que pudesse confirmar ou desmentir essas teorias.