Teóricos da conspiração se perguntaram por que a força aérea mais poderosa do mundo não conseguiu interceptar nenhum dos quatro aviões sequestrados, e criaram suas respostas. Para muitos deles, o então vice-presidente dos Estados Unidos, Dick Cheney, teria ordenado que o Exército não se esforçasse para recuperar os aviões do controle dos sequestradores. Já os relatórios oficiais dizem que ocorreu um raro sequestro múltiplo e violento, e que o transponder - aparelho que mostra a localização exata do avião - havia sido desligado ou alterado. Além disso, segundo o governo americano, no mesmo dia era realizado um exercício militar rotineiro da defesa aérea, o que teria provocado confusão e falhas de comunicação entre o Exército e o controle de tráfego aéreo civil (FAA), segundo a BBC. O equipamento das Forças Armadas também era ultrapassado, pois havia sido planejado para procurar por ameaças sobre o oceano durante a Guerra Fria.