Apesar de o escândalo do mensalão repercutir até hoje, quando o Supremo Tribunal Federal (STF) está julgando os envolvidos, o ex-presidente Lula afirmou, dias antes de deixar o governo, que a maior mágoa de sua festão foi a “condenação” junto à opinião pública que o governo sofreu durante o acidente com o voo 3054 da TAM, que em 2007 não conseguiu frear durante o pouso no aeroporto de Congonhas, em São Paulo, e colidiu em um prédio da companhia, matando 199 pessoas. Na ocasião, as condições da pista do aeroporto - de responsabilidade da Infraero - foram apontadas por especialistas como uma das possíveis causas da tragédia.
"Jogaram nas costas do governo com uma facilidade enorme a culpa pelo acidente da TAM e depois ninguém teve sequer sensibilidade de pedir desculpa. Foi o momento mais difícil de peso nas costas. Foi o pior dia de minha vida na presidência da República", relatou o presidente em encontro com jornalistas no dia 27 de dezembro de 2010.
Antes do acidente, o País sofreu com o que foi chamado de “apagão aéreo”. Foi uma série de problemas no setor deflagrados após o acidente com o voo 1907 da Gol, que caiu no Estado de Mato Grosso após se chocar com um jato Legacy. Durante mais de um ano, a situação no transporte aéreo passou por dificuldades e o ministro da Defesa Waldir Pires deixou o cargo a pedido do presidente.
Em 2008, uma nova crise: após denúncias do jornal O Estado de S. Paulo sobre os gastos com os cartões corporativos por parte de integrantes do governo, a ministra da Promoção da Igualdade Racial Matilde Ribeiro foi demitida. Ela foi a recordista de gastos com o cartão no ano de 2007, segundo a reportagem. A denúncia de que um cartão corporativo de um segurança da filha de Lula, Lurian Cordeiro Lula da Silva, com gastos de R$ 55 mil gerou um pedido de abertura de CPI. A suposta existência de um dossiê preparado pelo PT sobre os gastos da família do ex-presidente Fernando Henrique Cardoso ainda agitaria os ânimos em Brasília, antes da CPI isentar todos os ministros de responsabilidade no caso.
Antes de sair, a ministra Erenice Guerra apagou a luz das várias crises do governo Lula. Em setembro de 2010, em pleno período eleitoral, a revista Veja acusou o filho da então ministra da Casa Civil de participar de um esquema de tráfico de influência dentro do Executivo. Baseada em depoimento de um empresário do setor de transportes, a revista afirmou que o filho da ministra cobraria 6% de propina para facilitar negócios com o governo federal. Após a grande repercussão do caso, o empresário desmentiu as acusações. Erenice colocou seus sigilos fiscal, telefônico e bancária à disposição e deixou o ministério.