O coronel Ubiratan Guimarães foi condenado a 632 anos de prisão, em 29 de junho de 2001, pela morte de 102 presos no Massacre do Carandiru - embora o número oficial de mortos no presídio seja de 111, os promotores decidiram retirar a acusação de que Ubiratan era responsável pelas mortes de nove presos feridos por armas brancas. Mas a história não termina aí. O advogado de Ubiratan, Vicente Cascione, entrou com recurso para anulação do julgamento, que deve ser julgado em até dois anos.
Independente de o julgamento ser ou não anulado, Ubiratan segue em liberdade. A juíza que conduziu o julgamento deu este direito ao coronel, já que a decisão dos jurados pode ser contestada em outras instâncias. A defesa de Ubiratan entende que os jurados não entenderam o que votavam e, por esse motivo, sustenta a nulidade do processo.
A promotoria, que comemorou a condenação do coronel, acredita que a atitude da defesa é normal, já que a parte perdedora sempre protesta contra o resultado.
A condenação de Ubiratan foi comemorada por entidades de defesa dos Direitos Humanos, pelos parentes das vítimas e pelo secretário de Segurança de São Paulo, Marcos Vinícius Petreluzzi, e pelo governador Geraldo Alckmim. Mas o governador à época do massacre, Luiz Antônio Fleury Filho, considera a condenação injusta.
O julgamento de Ubiratan também levantou polêmica entre a opinião pública. Assustados com a escalada da violência, muitos cidadãos comuns acreditam que a condenação de Ubiratan desmerece a polícia e premia o crime. Apesar das controvérsias, a sentença simbólica do coronel, que pelas leis brasileiras só pode cumprir 30 anos da pena imputada, não tem nada definitivo. Por enquanto Ubiratan permamece livre e a questão deve se arrastar por anos nos tribunais.