No final de outubro de 2008, a Justiça de São Paulo recebeu a denúncia contra Lindemberg por homicídio duplamente qualificado (motivo torpe e recurso que dificultou a defesa da vítima) em relação a Eloá; tentativa de homicídio duplamente qualificado em relação ao disparo contra Nayara; e tentativa de homicídio qualificado (para assegurar a execução de crimes) contra o sargento da Polícia Militar Atos Antonio Valeriano. Ele também foi denunciado cinco vezes por cárcere privado qualificado em relação a Nayara (duas vezes), a Eloá e aos dois adolescentes que estavam no apartamento no momento da invasão, e quatro vezes por disparo de arma de fogo em lugar habitado.
A defesa do acusado recorreu no Tribunal de Justiça de São Paulo e no Superior Tribunal de Justiça (STJ) para que ele respondesse em liberdade, sem sucesso. Em frente ao juiz em audiência do caso em 2009, Lindemberg se recusou a falar. No ano seguinte, a Justiça determinou que ele fosse levado a júri popular, mas o STJ decidiu que o processo deveria retornar à fase de instrução porque o acusado não teve o devido acesso às provas e sua defesa, por isso, ficou comprometida. Após ouvir novamente as testemunhas, o juiz pronunciou Lindemberg em agosto de 2011 e ordenou que ele fosse a júri popular em fevereiro de 2012.