Não há nenhum problema nisso. Cuide apenas para não obstruir nenhuma abertura de ventilação mas, fora isso, não há risco algum nem para os CDs e DVDs, nem para os gadgets (celular, iPod) e nem para o computador.
Há alguns modelos que, inclusive, possuem uma área emborrachada sobre a CPU justamente com a função de acomodar e armazenar discos e dispositivos.