Os planos do presidente Luiz Inácio Lula da Silva de tocar em frente o projeto de transposição das águas do Rio São Francisco tiveram um adversário ferrenho dentro da igreja, em Pernambuco. Por duas vezes, Dom Luís Cappio entrou em greve de fome contra a obra. Para ele, o rio deveria passar por um processo de revitalização ao invés da mudança do curso das águas. Na cidade Pernambucana de Cabrobó, Cappio iniciou o primeiro protesto em 26 de setembro de 2005. O encerramento se deu em 5 de outubro, após negociação com o então ministro Jaques Wagner, das Relações Institucionais.
Porém, a decisão do governo de retomar as obras em 2007 fez o bispo realizar um longo jejum, desta vez entre 27 de novembro e 19 de dezembro. A greve de fome terminou depois de Cappio ser internado em Petrolina (PE). Seu gesto ganhou apoio de várias Organizações Não-Governamentais e principalmente dos movimentos sociais ligados a terra, provocando um grande desgaste para o governo.