Este game marca o fim da trilogia que começou com Sands of Time. Kaileena narra o princípio do game que volta agora com mais artifícios de escaladas pela parede do príncipe sem nome. Na nova trama, uma corrente é inserida do braço do protagonista e, por essa corrente, entram no corpo dele as Areias do Tempo. A partir daí, o até então puro príncipe é tomado por essa areia e se transforma no Príncipe Sombrio, o que transforma o game em um tipo de "O Médico e o Monstro", com ora a versão boa, ora a versão má do personagem.