Desenvolvido para a versão portátil do PlayStation, o game tem uma estrutura gráfica bem simples e a história se passa sete anos após os eventos do game Sands of Time. Aqui o príncipe é perseguido por Dahata, o guardião do tempo. Isso porque, para Dahata, uma vez que alguém abrisse as Areias do Tempo, essa pessoa deveria morrer, assim como todas as que nasceram antes dela. Portanto, o protagonista é aqui caçado por ter desvelado as Areias.