Apelidado de “Coronel Morte” e de “Milosevic de Ruanda”, Bagosora é apontado como o principal responsável pelo genocídio de pessoas da etnia Tutsi em Ruanda, em 1994. Ele assumiu o controle do Ministério da Defesa em 1992 e, apesar de se aposentar no ano seguinte, se manteve à frente do exército até o fim do genocídio.
Bagosora, da etnia Hutu e um extremista anti-Tutsi, comandou uma brutal campanha de limpeza étnica após a morte do presidente Juvenal Habyarimana, também um hutu, em um ataque ao seu avião, em 6 de abril de 1994. Um dia após a morte, iniciou-se a matança de tutsis e hutus moderados que só se encerraria em 18 de julho, quando o grupo rebelde tutsi Frente Patriótica de Ruanda declarou vitória sobre os exércitos comandados por Bagosora.
Ele é acusado de ser responsável pela morte de mais de 500 mil tutsis e de milhares de hutus moderados. O Tribunal Penal Internacional para Ruanda da ONU estima que 800 mil pessoas foram mortas durante o genocídio em Ruanda. O confronto ainda obrigou milhões de pessoas a deixarem o país em direção a nações vizinhas, o que levaria a novos conflitos na região.
Bagosora, que havia fugido após o fim do conflito, foi detido em Camarões em 9 de março de 1996. Em 2008, ele foi condenado à prisão perpétua pelo TPI (Tribunal Penal Internacional) para Ruanda por genocídios, crimes contra humanidade e crimes de guerra.