Milosevic foi presidente da Sérvia (1989-1997) e depois presidente da Iugoslávia (1997-2000). Durante o período, a Iugoslávia foi marcada por guerras separatistas que culminaram na sua divisão. Os primeiros países a proclamarem independência após a chegada de Milosevic ao poder foram Eslovênia, Croácia e Macedônia, todas em 1991, após confrontos, em especial na Croácia, que deixaram 20 mil mortos.
Contudo, foi em 1992, quando a Bósnia-Hezergovina declarou sua independência, que o verdadeiro banho de sangue começou na região. Milosevic apoiou as milícias sérvio-bósnias lideradas pelos generais Radovan Karadzic e Ratko Mladic, que promoveram um conflito ao longo de três anos, e respingou na Croácia, provocando a morte de até 200 mil pessoas – mais de 100 mil apenas nos primeiros meses -, tirou de suas casas 3 milhões de pessoas e deixou dezenas de milhares desaparecidas. Além disso, milhares foram enviados a campos de concentração e campos de estupros, para onde estima-se que mais de 20 mil mulheres muçulmanas foram mandadas.
Três anos após a Guerra da Bósnia, foi a vez do Kosovo buscar sua independência em mais um sangrento conflito iniciado em setembro de 1998 e encerrado apenas em junho do ano seguinte, após Belgrado, capital da Sérvia, ser bombardeada ao longo de 78 dias por tropas da Otan. O conflito deixou cerca de 10 mil mortos e até 740 mil albano-kosovares sem moradia. Milosevic só deixou o poder em outubro de 2000. Ele foi preso em abril de 2001 pelo governo sérvio acusado dos crimes de abuso de poder e de corrupção e extraditado dois meses mais tarde para ser julgado pelo tribunal da ONU em Haia, na Holanda, por crimes de guerra, se tornando o primeiro chefe de estado a ser julgado por essa acusação. Milosevic foi encontrado morto em 11 de março de 2006 após sofrer um ataque cardíaco, antes que o veredicto de seu julgamento pudesse ser pronunciado.